Şizoafektif hastaların tedavisi, alt guruplara göre değişiklikler gösterir.
Şizodepresif hastalar için her zaman nöroleptik ve antidepresan ilaçların kombine uygulaması, bunların tek tek uygulamasından daha iyi sonuç vermektedir.
Şizomanikler içinse nöroleptik ve lityum kombinasyonu akut tedavi için en uygun seçenektir.
Bütün şizoafektif hastalar için lityum profilaksisi ilk seçenek olmalıdır. Valproik asit ve karbamazepin ise ikinci ve üçüncü seçeneklerdir.
Genel kural olarak hem akut hem de profilaktik tedaviden şizoafektif hastalar en fazla afektif hastalar kadar yarar görürler. Yani tedaviden afektif hastalara göre daha düşük düzeylerde yararlanmaları her zaman mümkündür.
Şizoafektif hastaların nöbetler arasında tamamen iyileşen alt gurupları vardır. Bu hastalarda genellikle tedaviye direnç gösteren belirtiler psikotik belirtilerdir. Afektif belirtiler tedaviyle beraber sıklıkla ortadan kalkar.
İlginç olarak bazı çalışmalarda flufenazinin, lityuma göre rölaps önlemekte daha etkili bulunduğu, bir şizoafektif hasta alt grubu olduğu farkedilmiştir. Daha çok kronik ve şiddetli şizofrenik semptom gösteren olgular bu alt gruptandır.
Lityum tedavisine en iyi cevap şizomaniklerden ve daha az olarakta şizodepresiflerden gelir. İnterepizodik devrede dağılma ve düşünce bozukluğu gösteren hastalar lityum tedavisine en güç cevap veren olgulardır.